Le premier et principal secteur est composé des bâtiments B, C, D, E, F et G. Il a une capacité de 492 places.Chaque personne détenue est affectée dans une cellule qui lui est propre et qu´elle peut aménager. Toutes les cellules sont identiques et d´une superficie de 9m². Elles sont dotées d´un lavabo et de toilettes. Le mobilier est constitué d´un lit, d´une table et d´une chaise. La personne détenue peut louer une télévision et un réfrigérateur mais aussi se procurer une plaque chauffante afin de chauffer des plats cuisinés. La restauration est assurée par une cuisine centrale. Les plats confectionnés sont distribués à chaque personne détenue dans leur cellule où elles prennent leur repas.

Le quartier d´isolement accueille des personnes détenues provisoirement mises à l´écart du reste de la population pénale soit à leur demande soit sur décision du chef d´établissement. Elles bénéficient du même régime de détention que la population pénale.

Le quartier disciplinaire reçoit les personnes détenues sanctionnées disciplinairement par le chef d´établissement conformément à l´article D249 du code de procédure pénale lors d´une commission de discipline. La durée maximum de présence au quartier disciplinaire est de 45 jours consécutifs. Durant la présence au quartier disciplinaire, les mouvements de la personne détenue sont réduits. Elle dispose d´une heure de promenade par jour. Elle peut correspondre normalement, fumer et disposer des livres de la bibliothèque. Elle n´a aucun contact avec le reste de la population pénale.

Le bâtiment H constitue, au contraire, une progression dans le régime de détention du condamné qui y est admis, sur avis d´une commission pluridisciplinaire de professionnels, qui évalue le comportement général de l´intéressé depuis son arrivée à Muret. Le secteur permet, par exemple, aux détenus une plus grande liberté de circulation, à des horaires plus souples.

Le bâtiment S, composé de vingt cellules, est essentiellement tourné vers la préparation à la sortie et la formation professionnelle. N´y sont admis que des condamnés en fin de peine, au comportement exemplaire, désireux de préparer activement leur libération.